در بسیاری از ترکیبات یونی ، یونهای چند اتمی وجود دارند . یونهای چند اتمی شامل دو یا چند اتم هستند که با پیوند کووالانسی به یکدیگر متصل شده اند و دارای بار الکتریکی مثبت یا منفی هستند . بار الکتریکی به اتم خاصی تعلق نداشته و بین اتمها پخش میشود . یونهای چند اتمی شکل هندسی معینی دارند که با توجه به قاعده (VSEPR) تعیین میشود . مثلا یون کربنات : مثلثی مسطح ، یون سولفات : چهاروجهی منتظم ، یون نیتریت : خمیده و یون نیترات مثلثی مسطح است .
تصویر بلورهای کلسیم کربنات (CaCO3) را نشان می دهد که از اجتماع یونهای کربنات و کلسیم تشکیل شده است . یونهای کربنات ، مثلثی مسطح می باشند که در بلور کلسیم کربنات کنار یونهای کلسیم قرار گرفته اند . از نظر حجم یون ، یونهای کربنات نسبت به یونهای کلسیم خیلی بزرگتر می باشند ولی از نظر مقدار بار الکتریکی با هم یکسان میباشند .